След Освобождението на България седмина се върнали в родината си. Един от тях умрял в затвора в Мосул.
Както с мнозина други, подобни с неговата съдба, данните за неговия по-нататъшен живот са много оскъдни, дори липсват. Знае се, че след завръщането си в Шумен през 1879г. /тогава е бил на 26 години/ Ат. Стойков прослужил няколко години в администрацията /коя точно не се знае/, бил е директор на Шуменския окръжен затвор, намиращ се в двора на днешното военно училище, а по-късно и контролъор в шуменската пивоварна фабрика.
На 1 септември 1901г. Ат. Стойков продава къщата си заедно с дюкяна на Калю Петков за 1720 лв, но къде отива да живее не е ясно. Не е ясна и причината, която налага продажбата. Възможни са негови финансови трудности.
По смъртния акт /Акт за умирание на Атанас Стойков №410/, намерен в служба ГРС на днешната община Шумен става ясно, че Атанас Стойков починал в дома си на 23 ноември1911г. стар стил или 6 декември нов стил.
Да заявят за смъртта на починалия се явили в общината Иван Минчев – книжар и сестрин син, и Злати Белев – чиновник, познат на Ат. Стойков. От акта става ясно, че последния оставя вдовица жена си Райна.
В ДА Шумен няма архивен фонд от окръжния затвор в Шумен за тези години. Поради пожар в църквата “Три светители” не е запазена книгата с венчавките на шуменските граждани до 1899г. Не е ясна съдбата на братята и сестрите на Атанас Стойков. Има сведения за негов внук, работил като бояджия във Велики Преслав през 50- те години, но дирите по-нататък се губят.Тук е нужна още много издирвателска дейност, която да хвърли светлина и върху тези тъмни петна.
Но каквото и да намерим още по прашлясалите страници и документи, едно е ясно. Георги Джумалиев в своята студия за комитата казва:
“Атанас Стойков е крупна фигура в историята на Шумен. Напълно завършена нравствена личност, смел и пламенен революционер, готов на всяка жертва за извоюване на свободата и самостоятелността на нашия народ, той се явява достоен заместник на П. Волов и Кр. Кючуков. И днес заслужава удивление дръзновеният и самоотверженият му подвиг да вдигне революционното знаме срещу многохилядния турски гарнизон в най-яката отоманска твърдина, каквато е била Шуменската крепост.” / Г.С.Джумалиев, “Известия” на Института за българска история – БАН, кн. 5/1954г., стр.294 /...
... И днес къщата на Атанас Стойков стои на своето място, почти непокътната, с паметна плоча до входната врата. По калдъръма от нея до самата къща са стъпвали не само комити, загрижени за съдбата на поробеното Отечество, но в по-ново време и шуменската бохема. Къщата става роден дом и последен пристан на художника Любен Петков - Дяд Кайо, дългогодишен художник-проектант на драматичния театър в Шумен. В малките стаички не веднъж са се събирали художници, поети, хора на изкуството и духа, дори и летци и техници на Шуменския аероклуб. Не веднъж в своите младежки години Любен Петков, Владо Вичев, Иван Пейчев, Здравко Недев са чели Маркс, Бакунин, Кропоткин, Омар Хайям и прокълнатите поети, обсъждали са своите нови творби - картини и стихове, за което помагало и доброто домашно вино на стария Калю Петков- ученика на Сава Доброплодни...